Covid-19: zoom sur ces nouveaux variants qui changent toute la donne

Des matériaux de test COVID 19 en pleine pandémie. (AFP)
Des matériaux de test COVID 19 en pleine pandémie. (AFP)
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Publié le Mardi 26 janvier 2021

Covid-19: zoom sur ces nouveaux variants qui changent toute la donne

  • Depuis le début de cette pandémie, 12 000 mutations ont été observées. La plupart d’entre elles n’ont pas eu de réel impact sur la Sars-CoV-2
  • Pourtant, les mutations Brésiliennes et Sud-Africains contourneraient la protection immunitaire

MARSEILLE: Alors que le monde entier se lance dans une course effrénée aux vaccins, la flambée de cas dus à la circulation des nouveaux variants interpelle la communauté scientifique. Ce phénomène remet en question les vaccins d’ores et déjà administrés, qui s’élèvent à plus de 63,5 millions de doses dans 68 pays ou territoires.

Mutation des virus: un phénomène naturel

À l’instar de tous les organismes vivants, les virus sont dotés d’un matériel génétique susceptible de changer à l’issue de leurs nombreuses réplications.

En se transmettant d’un hôte à l’autre, un virus peut se combiner à d’autres virus en circulation (recombinaisons), ou modifier certaines de ses composantes génétiques. Ces changements successifs lui permettent de mieux s’adapter à l’environnement.

«Plus un virus infecte d’individus, plus la possibilité de mutation est grande. D’autant plus que la probabilité augmente chez une personne dont le système immunitaire est chroniquement affaibli», indique le Dr Harrison, du Centre de séquençage COG-UK.

Depuis le début de cette pandémie, 12 000 mutations ont été observées. La plupart d’entre elles n’ont pas eu de réel impact sur le Sars-CoV-2. Néanmoins, les trois nouveaux variants pourraient changer la donne, puisqu’ils sont significativement plus contagieux et résistants.

Afrique du Sud. (AFP)
Centre de soins en Afrique du Sud. (AFP)

Le doute sur l’efficacité des vaccins

Les tests en laboratoire portent à croire que les vaccins seraient efficaces contre le variant anglais. Les deux autres variants sembleraient être quant à eux plus coriaces. Selon une étude préliminaire, les mutations brésiliennes et sud-africaines contourneraient la protection immunitaire.

Les habitants de Manaus enterrent leurs morts. (AFP)
Les habitants de Manaus enterrent leurs morts. (AFP)

La particularité de ces mutations repose sur la protéine Spike (protéine S). Cette protéine de surface permet au Sars-CoV-2 de s’accrocher aux cellules cibles pour y pénétrer. Or, cette mutation diminuerait la reconnaissance du virus par les anticorps, ce qui freine sa neutralisation par le système immunitaire.

Ainsi, les individus ayant déjà contracté le virus et qui ont un taux suffisant d’anticorps dans le sang, aussi bien les personnes vaccinées, ne seraient plus à l’abri du coronavirus.

Dans les faits, la majorité des vaccins en circulation se basent sur cette protéine S.

La société Moderna, qui utilise la technologie de l’ARN messager (même méthodologie que Pfizer) assure que son vaccin reste efficace face aux variants britannique et sud-africain.

Cependant, les niveaux d’anticorps contre le B.1.351 (sud-africain) sont divisés par six. Même si ces niveaux d’anticorps restent au-dessus de ce qui est attendu pour procurer une protection, la société de biotechnologies américaine va mettre à l’essai un nouveau vaccin candidat. Des tests en laboratoire sont par ailleurs réalisés afin de tester l’impact de l’injection d’une troisième dose du vaccin déjà sur le marché.

«La mutation actuelle du virus du Covid-19 n’a pas rendu le vaccin inefficace», a affirmé le président de la filiale China National Biotec Group, Yang Xiaoming.

Selon ses dires, les vaccins usant des particules inactivées du virus pourraient fonctionner contre les nouvelles mutations du coronavirus, puisqu’ils « offrent une protection contre toutes zones du virus, et non pas uniquement sur la protéine S (Spike) ». Nonobstant, ces postulats sont à prendre avec des pincettes, puisque les procédures de Sinopharm sont pointées du doigt pour opacité et asymétrie de l’information, et que ce vaccin est initialement moins efficace que certains de ses concurrents (73% contre 94% en moyenne).

La question des séquençages

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) – basé à Stockholm – ont appelé leurs membres à renforcer leurs capacités de séquençage du génome du coronavirus, afin d’améliorer l’identification de nouveaux variants. Depuis le début de la pandémie, des milliers de séquences ont été téléchargées sur des bases de données publiques. Cela a permis de suivre en temps réel les mutations, et de s’en prémunir.

«C’est la première fois que nous voyons comment un agent pathogène évolue à cette échelle», souligne Ewan Harrison, directeur de la stratégie et de la transformation au COG-UK et membre du Wellcome Sanger Institute, où la majeure partie du séquençage est effectuée. «Nous apprenons que ces mutations s’accumulent bien plus vite que nous ne le pensions.»

Centre de vaccination en Angleterre. (AFP)
Centre de vaccination en Angleterre. (AFP)

 

Le séquençage: une révolution scientifique

L’OMS qualifie ces séquençages faits à l’échelle internationale de «révolution» scientifique. Cette investigation génomique des virus permettra de mieux comprendre plusieurs maladies, comme Ebola ou la grippe saisonnière.

En 2002, date à laquelle le Syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) a commencé, seules 31 variantes du génome étaient partagées publiquement. En 2021, en l’espace de six mois, 60 000 ont été publiées. Pourtant, aujourd’hui, peu de pays sont à même d’effectuer ce processus long et coûteux.

 

Livraisons de vaccins ralenties

Les pays les plus fragiles, dont certains pays du Moyen-Orient – comme le Liban, touché de plein fouet par le virus – devraient recevoir leurs premières doses de vaccin au début du mois de février.

 

Covax: quèsaco?

Covax est un mécanisme fondé par l’OMS dont l’objectif est de procurer suffisamment de doses afin de vacciner 20 % de la population d’ici à la fin de l’année.

Au total, le financement est assuré pour les 92 pays les plus pauvres du monde.

Pourtant, même dans les pays ou la vaccination est de mise, la livraison des précieux flacons est retardée. À la suite d’une «baisse de rendement» sur le site de fabrication, les 400 millions de doses du vaccin AstraZeneca/Oxford réservées par la Commission européenne ne pourront pas être livrées comme prévu.

Vaccin AstraZeneca. (AFP)
En France, 140 000 doses de ce vaccin font défaut, le rythme des vaccinations est divisé par 3 en Italie, 40 000 doses manquent en Belgique et 10 % de vaccins en moins ont été livrés au Danemark. (AFP).

«AstraZeneca a confirmé aujourd’hui lors de la réunion du comité directeur avec les États membres qu’il y aurait un changement dans son calendrier de livraison», a pour sa part indiqué à l’AFP Stefan De Keersmaecker, porte-parole de la Commission européenne chargé de la santé. «Nous nous efforçons d’en savoir plus», a-t-il ajouté.

Les laboratoires Pfizer, font eux aussi face à des retards de livraison. En France, 140 000 doses de ce vaccin font défaut, le rythme des vaccinations est divisé par 3 en Italie, 40 000 doses manquent en Belgique et 10 % de vaccins en moins ont été livrés au Danemark.

Le président du Conseil européen, Charles Michel, réclame donc que les entreprises pharmaceutiques fassent preuve de plus de «transparence» sur les causes de ces retards.

Espacement des doses du vaccin

Dans ce contexte de limitation des doses de vaccin, mais aussi pour «pouvoir protéger plus de personnes à court terme», la Haute Autorité de santé préconise un espacement de «six semaines entre l’injection des deux doses de vaccins, au lieu de trois à quatre semaines actuellement». Face à la pénurie des doses, et à l’urgence sanitaire, l’OMS approuve cette décision.

«Après une seule dose, on n’a pas atteint un niveau de protection suffisant pour ne pas être infecté, et si on espace trop les doses, il se peut qu’on n’atteigne jamais un niveau suffisant d’anticorps pour être protégé», a affirmé l’infectiologue Karine Lacombe au Grand Jury LCI/RTL/Le Figaro.

En effet, selon un bilan publié par le British Medical Journal (BMJ), la campagne de vaccination en Israël laisse penser que la protection apportée par la première dose est inférieure à ce qu’avaient montré les essais cliniques (36 % de différence entre la théorie et la pratique).

 

Les différents vaccins et leurs caractéristiques 

AstraZeneca/Oxford

  • Facile à stocker et transporter
  • Peu coûteux
  • Méthode du vecteur viral
  • 70% d’efficacité prouvée
  • Ne semble pas efficace pour les nouveaux variants.
  • Peu d’effets secondaires.
  • Distribution : Royaume-Uni, Inde, Canada, Etats-Unis, Union-Européenne, Corée du Sud, Japon, Chili, Suisse, Pérou, Israël, Hong Kong, Australie, Nouvelle Zélande, Egypte, Thaïlande, Indonésie, Bangladesh, Equateur

Pfizer BioNTech

  • Transport et stockage contraignant : doit être gardé entre -80°C et -70°C-
  • Couteux
  • Technique de l’ARN messager
  • Efficace à plus de 95% avec deux doses
  • Semble plus ou moins efficace pour les nouveaux variants
  • Effets secondaires légers à modérés, déconseillé pour les personnes allergiques
  • Distribution : Canada, Etats-Unis, Union-Européenne, Corée du Sud, Royaume-Unis, Japon, Chili, Suisse, Pérou, Israël, Hong Kong, Australie, Nouvelle Zélande.
Vaccin Pfizer. (AFP)
Vaccin Pfizer. (AFP)

 

Méthode de l’ARN messager (ARNm) :

Dans cette méthode, il ne s'agit pas d’injecter une partie du virus (procédé classique du vaccin), mais d'insérer un fragment du matériel génétique du virus (ARN messager) qui reproduira les protéines virales dans l’organisme. Ce qui permet au corps de se défendre avec la production d'anticorps capables de répondre à cette nouvelle présence de protéines virales. Dans le cas où ils se retrouvent en contact une nouvelle fois avec ces protéines, l'organisme saura se défendre seul.

Moderna

  • Peut se conserver pendant six mois à -20°C, et pendant 30 jours entre 2°C et 8°C
  • Très coûteux
  • Technique de l’ARN messager
  • 94,1% d’efficacité prouvée
  • Semble plus ou moins efficace pour les nouveaux variants. Nouvelle configuration à l’étude
  • Effets secondaires légers à modérés, déconseillé pour les personnes allergiques
  • Distribution : Suisse, Canada, Israël, Etats-Unis, Union Européenne, Japon, Royaume Uni, Corée du Sud.
Vaccin Moderna. (AFP)
Vaccin Moderna. (AFP)

Spoutnik V

  • Facile à stocker et transporter
  • Peu coûteux
  • Méthode du vecteur viral
  • Efficace à 92 %
  • Efficacité inconnue pour les nouveaux variants
  • Pas d'essais cliniques valides pour la phase 3
  • L'âge des individus vaccinées est plafonné à 60 ans
  • Effets secondaires légers à modérés
  • Distribution : Russie, Brésil, Kazakhtan, Ouzbékistan, Egypte, Venezuela, Argentine.

 

Vaccin Spuntik V. (AFP)
Vaccin Spuntik V. (AFP)

 

Méthode du vecteur viral

Cette méthode prend comme support un autre virus (un adénovirus de chimpanzé) transformé et adapté contre la Covid-19. Ce procédé est notamment utilisé pour le vaccin contre Ebola

Sinopharm

  • Peu coûteux
  • Méthode des virus inactivés
  • Efficace à 68-79%
  • Considéré efficace pour les nouveaux variants par les autorités sanitaires chinoises
  • Effets secondaires légers à modérés
  • Distribution : Chine, Jordanie Emirats arabes unis, Argentine,  Pérou, Egypte...
Vaccin Sinopharm. (AFP)

 

Méthode des virus inactivés

Cette méthode dite « classique », fait appel à un virus "tué" afin de déclencher une réaction immunitaire chez le sujet.

CoronaVac

  • Facile à stocker et transporter
  • Peu coûteux
  • Méthode du vaccin vivant atténué
  • Efficace à 50,3%, mais empêche 100% des formes graves Efficacité inconnue pour les nouveaux variants.
  • Effets secondaires légers à modérés
  • Distribution Chine, Indonésie, Turquie, Chili, Brésil, Hong Kong.

 

Outre les raisons sanitaires, il est important de noter que la distribution des vaccins dépend également des problématiques géopolitiques et économiques.

En plus de la remise en question de l’efficacité des vaccins en circulation, les retards bouleversent les agendas gouvernementaux. Un nouveau calendrier de production doit donc être mis en place, et des mesures plus strictes – telles qu’un confinement et/ou la fermeture des frontières – sembleraient nécessaires afin de gagner du temps, de repenser la stratégie sanitaire et d’éviter un scenario à l’anglaise partout dans le monde.


Indonésie: 54 blessés dans une explosion d'origine inconnue près d'une école à Jakarta, selon la police

 Au moins 54 personnes ont été blessées vendredi à la suite d'une explosion près d'une école à Jakarta, la capitale indonésienne, a déclaré le chef de la police locale, Asep Edi Suheri, sans donner d'éléments sur l'origine du sinistre. (AFP)
Au moins 54 personnes ont été blessées vendredi à la suite d'une explosion près d'une école à Jakarta, la capitale indonésienne, a déclaré le chef de la police locale, Asep Edi Suheri, sans donner d'éléments sur l'origine du sinistre. (AFP)
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  • "Selon les premières données, quelque 54 personnes sont touchées. Certaines ont des blessures mineures, d'autres modérées et certaines ont déjà quitté l'hôpital", a déclaré M. Asep, cité sur la chaîne Kompas TV
  • L'explosion s'est produite "à proximité" d'un lycée, a-t-il précisé, ajoutant que la police avait bouclé le périmètre

JAKARTA: Au moins 54 personnes ont été blessées vendredi à la suite d'une explosion près d'une école à Jakarta, la capitale indonésienne, a déclaré le chef de la police locale, Asep Edi Suheri, sans donner d'éléments sur l'origine du sinistre.

"Selon les premières données, quelque 54 personnes sont touchées. Certaines ont des blessures mineures, d'autres modérées et certaines ont déjà quitté l'hôpital", a déclaré M. Asep, cité sur la chaîne Kompas TV.

L'explosion s'est produite "à proximité" d'un lycée, a-t-il précisé, ajoutant que la police avait bouclé le périmètre.

La police "procède aux constatations sur la scène de crime", a déclaré M. Asep, précisant qu'une équipe de déminage de la police de Jakarta était sur place afin de déterminer la cause de l'explosion.

Des postes de secours ont été établis dans deux hôpitaux pour aider les familles à retrouver les victimes blessées, a-t-il également indiqué.

Une enquête est en cours pour déterminer la cause de l'explosion, a ajouté M. Asep. "Nous sommes en train de mener les investigations car cet incident vient de se produire", a-t-il expliqué.


Au moins neuf morts dans l'accident d'un avion-cargo aux États-Unis

Au moins neuf personnes sont mortes dans l'accident d'un avion-cargo qui s'est écrasé mardi peu après son décollage de Louisville, dans le centre-est des Etats-Unis, a annoncé mercredi le gouverneur du Kentucky. (AFP)
Au moins neuf personnes sont mortes dans l'accident d'un avion-cargo qui s'est écrasé mardi peu après son décollage de Louisville, dans le centre-est des Etats-Unis, a annoncé mercredi le gouverneur du Kentucky. (AFP)
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  • "Kentucky, d'autres nouvelles déchirantes nous parviennent de Louisville. Le nombre de victimes s'élève désormais à au moins 9, et pourrait encore augmenter. En ce moment, ces familles ont besoin de prières, d'amour et de soutien"
  • L'accident a également fait au moins 11 blessés. Le gouverneur de l'Etat tiendra une conférence de presse à 11H30, heure locale (16H30 GMT)

WASHINGTON: Au moins neuf personnes sont mortes dans l'accident d'un avion-cargo qui s'est écrasé mardi peu après son décollage de Louisville, dans le centre-est des Etats-Unis, a annoncé mercredi le gouverneur du Kentucky.

"Kentucky, d'autres nouvelles déchirantes nous parviennent de Louisville. Le nombre de victimes s'élève désormais à au moins 9, et pourrait encore augmenter. En ce moment, ces familles ont besoin de prières, d'amour et de soutien", a écrit sur X le gouverneur de l'Etat, Andy Beshear.

L'accident a également fait au moins 11 blessés. Le gouverneur de l'Etat tiendra une conférence de presse à 11H30, heure locale (16H30 GMT).

Le vol UPS 2976, qui devait rejoindre Hawaï, "s'est écrasé vers 17H15 heure locale" (22H15 GMT) mardi, selon le régulateur américain de l'aviation, la FAA. L'appareil était un McDonnell Douglas MD-11.

L'avion avait "trois membres d'équipage à son bord", a déclaré dans un communiqué le transporteur UPS, dont le siège de la division aérienne est installé à Louisville.

L'appareil aurait percuté "de manière assez directe" une installation de recyclage de pétrole, a précisé le gouverneur.

Une vidéo amateur partagée par la chaîne locale WLKY montre le moteur gauche de l'avion en feu tandis que l'appareil rase le sol en tentant de décoller de la piste, avant visiblement d'exploser plus loin, provoquant un large panache de fumée noire.

L'appareil a terminé sa course à près de 5 km de l'aéroport, selon la police.

Des images aériennes de télévisions locales montraient aussi, peu après le crash, un large brasier s'étalant sur plusieurs centaines de mètres de long dans une zone de hangars et de parkings, avec les gyrophares des équipes de secours à proximité.

Les vols, annulés mardi soir, ont été rétablis à l'aéroport international Mohamed-Ali de Louisville, a annoncé mercredi matin sur X le maire de la ville, Craig Greenberg.

UPS a annoncé mercredi via un communiqué suspendre toutes les opérations de tri des colis sur place, pour la deuxième journée consécutive.

Louisville sert de principal hub aérien américain pour UPS, selon une fiche d'information de l'entreprise.

Paralysie budgétaire 

Les enquêteurs de l'Agence américaine de sécurité des transports (NTSB) doivent arriver mercredi sur place.

L'accident de mardi intervient au moment où les conséquences de la paralysie budgétaire, due à un désaccord entre républicains et démocrates au Congrès, se font particulièrement ressentir dans le domaine du transport aérien.

Depuis plusieurs semaines, des pénuries de contrôleurs aériens - qui travaillent depuis le 1er octobre sans être payés - entraînent retards et annulations de vols à travers le pays.

Si la paralysie budgétaire se prolonge au-delà de cette semaine, l'espace aérien américain pourrait même être partiellement fermé, a mis en garde mardi le ministre des Transports, Sean Duffy.

UPS Airlines, la division aérienne du groupe américain de messagerie et de livraison de colis, opérait début septembre une flotte d'environ 500 avions de transport de marchandises, dont 27 MD-11, l'appareil impliqué dans l'accident de mardi.

Le dernier accident aérien majeur aux Etats-Unis s'est produit le 29 janvier dernier à proximité de l'aéroport Ronald-Reagan de Washington, quand un hélicoptère militaire est entré en collision avec un avion de ligne sur le point d'atterrir, tuant 67 personnes au total.


Mamdani élu maire de New York, soirée de revers pour Trump

Le socialiste Zohran Mamdani a remporté mardi la mairie de New York au terme d'une soirée d'élections locales dans lesquelles Donald Trump a essuyé plusieurs revers, un message de défiance à un an des élections de mi-mandat. (AFP)
Le socialiste Zohran Mamdani a remporté mardi la mairie de New York au terme d'une soirée d'élections locales dans lesquelles Donald Trump a essuyé plusieurs revers, un message de défiance à un an des élections de mi-mandat. (AFP)
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  • L'élu local de 34 ans, opposant résolu au président américain, a largement devancé son principal adversaire, l'ancien gouverneur de l'Etat, le centriste Andrew Cuomo, selon les projections de plusieurs médias
  • Zohran Mamdani deviendra le 1er janvier le premier maire musulman de la plus grande ville des Etats-Unis

NEW YORK: Le socialiste Zohran Mamdani a remporté mardi la mairie de New York au terme d'une soirée d'élections locales dans lesquelles Donald Trump a essuyé plusieurs revers, un message de défiance à un an des élections de mi-mandat.

L'élu local de 34 ans, opposant résolu au président américain, a largement devancé son principal adversaire, l'ancien gouverneur de l'Etat, le centriste Andrew Cuomo, selon les projections de plusieurs médias.

Zohran Mamdani deviendra le 1er janvier le premier maire musulman de la plus grande ville des Etats-Unis.

Sa victoire a été accueillie par des cris de joie et parfois les larmes de ses partisans réunis dans une grande salle rococo des années 1920 du centre de Brooklyn.

"En cette période d'obscurité politique, New York sera la lumière", leur a lancé le jeune élu, ajoutant que la ville pouvait "montrer à une nation trahie par Donald Trump comment le vaincre".

L'ancien président démocrate Bill Clinton, dont M. Cuomo a fait partie de l'administration, a souhaité au vainqueur de "transformer l'élan de (sa) campagne" pour construire "un New York meilleur, plus juste et plus abordable".

"L'avenir s'annonce un peu meilleur", a commenté pour sa part Barack Obama, évoquant les différentes victoires démocrates de la soirée.

Participation record 

Donald Trump, qui a fait de Zohran Mamdani l'une de ses nouvelles bêtes noires, a lui aussi rapidement réagi. Dans un message publié sur son réseau Truth Social, il a cité des "sondeurs" anonymes affirmant que les défaites républicaines étaient dues à la paralysie budgétaire -- le  "shutdown" -- et au fait que son propre nom ne figurait pas sur les bulletins de vote.

Plus tôt dans la journée, il avait appelé les électeurs juifs à faire barrage au candidat, militant de la cause palestinienne. En réponse, Zohran Mamdani s'est de nouveau engagé, dans son discours de victoire, à "bâtir une mairie qui (...) ne faiblira pas dans la lutte contre le fléau de l'antisémitisme".

Vainqueur surprise de la primaire démocrate en juin, l'élu du Queens à l'Assemblée de l'Etat de New York n'a jamais, depuis lors, quitté la tête des sondages, même après le retrait de la course du maire sortant Eric Adams, qui a également appelé à le battre en ralliant Andrew Cuomo.

Signe de l'engouement pour le scrutin, avant la fermeture des bureaux de vote à 21H00, plus de deux millions d'électeurs s'étaient rendus aux urnes, la plus importante participation depuis près de 60 ans.

Né en Ouganda dans une famille d'intellectuels d'origine indienne, arrivé aux Etats-Unis à sept ans et naturalisé en 2018, Zohran Mamdani a fait de la lutte contre la vie chère le coeur de sa campagne.

Si Donald Trump l'a qualifié de "communiste", ses propositions -- encadrement des loyers, bus et crèches gratuits -- relèvent plutôt de la social-démocratie.

Autres victoires démocrates 

Très populaire auprès des jeunes, le futur maire a également ramené à lui de nombreuses personnes qui s'étaient éloignées de la politique, "des électeurs frustrés par le status quo, en quête de nouvelles personnalités", selon le politologue Costas Panagopoulos.

"Si Zohran Mamdani devient maire, Trump n'en fera qu'une bouchée", a prédit Andrew Cuomo avant le verdict mardi, insistant, comme il l'a fait durant toute la campagne, sur l'inexpérience de son adversaire.

Plusieurs fois, le président républicain a promis de mettre des bâtons dans les roues du jeune candidat démocrate s'il était élu, en s'opposant au besoin au versement de certaines subventions fédérales à la ville.

Voisin de New York, l'Etat du New Jersey a choisi la démocrate Mikie Sherrill contre l'homme d'affaires républicain Jack Ciattarelli. L'Etat a longtemps été considéré comme un bastion démocrate. Mais à la dernière présidentielle, Donald Trump y avait considérablement réduit l'écart.

Plus au sud sur la côte est, la Virginie a élu la première femme à sa tête, la démocrate Abigail Spanberger, battant la républicaine Winsome Earle-Sears.

Enfin, les Californiens ont approuvé un texte visant à redécouper leur carte électorale en faveur des démocrates, qui cherchent à compenser ce qu'ont fait au Texas les républicains sous la pression de Donald Trump.