Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
Des chercheurs du laboratoire Auragen préparant le séquençage de génomes humains pour améliorer l'identification des maladies rares, à Lyon, en France. (AFP).
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Publié le Samedi 26 février 2022

Dans un laboratoire lyonnais, le grand livre ouvert de l'ADN

  • À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares
  • Deux jours: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain

LYON: Deux jours, à peine: c'est le temps qu'il faut désormais à une machine de haute technologie pour lire les trois milliards de caractères d'un génome humain. À Lyon, la révolution du séquençage ADN est en marche contre les maladies rares.

Le premier décryptage d'un génome complet, en 2003, avait nécessité plus d'une décennie de travaux internationaux et quelque trois milliards de dollars d'investissement. Délais et coûts ont fondu depuis.

"On a lancé ce matin 160 séquençages, qui prendront moins de deux jours", indique Damien Sanlaville, chef du service de génétique aux Hospices Civils de Lyon (HCL), devant les machines du laboratoire régional Auragen, en service depuis fin 2019.

C'est l'une des deux entités créées dans le cadre du plan "France Médecine Génomique 2025" - l'autre, Seqoia, est portée par l'AP-HP à Paris.

Annoncé en 2016, d'un montant de 670 millions d'euros financés par l'État et des entreprises partenaires, ce plan vise notamment à mieux identifier les maladies rares, dont la 15e Journée internationale a lieu lundi.

Près de 8.000 ont été répertoriées à ce jour et elles concernent environ trois millions de personnes en France, dont une grande majorité d'enfants, mais leur prévalence est faible: une maladie est dite "rare" quand elle touche moins d'un individu sur 2.000.

Cette rareté engendre souvent une errance diagnostique, parfois durant plusieurs années, au désespoir des familles concernées: "pour lutter, encore faut-il savoir quel est l'ennemi", souligne M. Sanlaville.

Or, 80% de ces pathologies ont une origine génétique: d'où l'intérêt d'une structure capable de déchiffrer rapidement un ADN pour en déceler les éventuelles anomalies, en lien avec une plateforme régionale d'expertise médicale. Celle-ci réunit les compétences des HCL, des CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble et Saint-Étienne, ainsi que du centre hospitalier de Chambéry.

L'accès au séquençage est soumis aux pré-indications de la Haute Autorité de Santé, soit 63 pathologies au 1er mars. Avec l'objectif de déchiffrer à Lyon comme à Paris, 18.000 génomes par an d'ici 2025.

Passe-plats

À l'hôpital Édouard-Herriot à Lyon, la prouesse technologique du séquençage à haut débit est assurée par quatre machines NovaSeq 6000 de l'entreprise américaine Illumina, à un million d'euros pièce. La dernière vient d'être installée.

Ces gros cubes blancs, qui pèsent une tonne mais ne bourdonnent guère plus qu'un appareil électro-ménager, tournent six jours sur sept, par cycles de 44 heures, pour lire les trois milliards de "paires de bases" composant l'ADN d'un individu.

"Le génome, c'est un grand livre dont les chapitres seraient les chromosomes, les gènes les paragraphes, et les phrases une succession de lettres", compare Christine Vinciguerra, directrice médicale d'Auragen. Soit A, T, G et C, initiales des quatre bases azotées de l'alphabet biologique: Adénine, Thymine, Guanine et Cytosine.

Le laboratoire Auragen est organisé en circuit fermé autour d'un système de "passe-plats" hermétiques entre les pièces, afin d'éviter toute contamination des échantillons sanguins durant leur préparation. Ici tout est automatisé, ou presque, de l'extraction de l'ADN au travail des séquenceurs.

Ceux-ci répètent leur opération de lecture 30 fois, pour être le plus précis possible; les données brutes sont ensuite traitées à Grenoble par des bio-informaticiens, afin de permettre leur analyse génétique, puis une interprétation biologique et clinique. Un travail de quatre à six mois, au terme duquel des solutions thérapeutiques peuvent être proposées au patient.

"Nous intervenons dans un cadre de soins", insiste Damien Sanlaville, même si les informations recueillies, qui représentent déjà deux pétaoctets de stockage pour Auragen, rejoindront parallèlement un "collecteur analyseur de données" qui sera ouvert - sous conditions - aux chercheurs.

Depuis sa mise en service fin 2019, le laboratoire, destiné aussi à la cancérologie, a traité pour les maladies rares près de 8.000 génomes venant de patients et de leurs proches. Parmi ces dossiers, dont beaucoup de syndromes malformatifs, de myopathies ou de déficiences intellectuelles, 37% ont été "concluants".

"Plus d'une fois sur trois, on a trouvé quelque chose", résume Christine Vinciguerra. "Quand on ne trouve rien, c'est peut-être qu'on ne sait pas encore où regarder, mais les progrès à venir pourront nous le dire."


À Mayotte, après le cyclone Chido, fruits et légumes désertent les assiettes

Cette photographie montre un bâtiment détruit après le passage du cyclone Chido sur le territoire français de Mayotte dans l'océan Indien, le 14 décembre 2024 dans la capitale Mamoudzou. (AFP)
Cette photographie montre un bâtiment détruit après le passage du cyclone Chido sur le territoire français de Mayotte dans l'océan Indien, le 14 décembre 2024 dans la capitale Mamoudzou. (AFP)
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  • Le modèle agricole dominant est le "jardin mahorais", une forme de polyculture qui assure une certaine autonomie alimentaire à cet archipel de l'océan Indien

Mtsangamouji, France: Bananes et maniocs à terre, c'est le garde-manger d'Abdou Abdillah qui s'est envolé le 14 décembre. Le cyclone Chido a ravagé sa petite parcelle située à Mtsangamouji, dans l'archipel français de Mayotte, ne lui laissant que des débris d'arbres et de plantes à déblayer.

"C'était pour nourrir mes enfants, ma mère", regrette le cultivateur de 58 ans en tronçonnant un cocotier tombé il y a un mois. Depuis Chido, les légumes et les fruits ont quitté son assiette. A la place, "on mange du riz et des frites", déplore-t-il.

La situation l'inquiète d'autant plus que le ramadan approche. Son début est prévu vers la fin du mois de février et il ne sait toujours pas ce que sa famille aura pour le foutari, le repas de rupture du jeûne.

Ousseni Aboubacar, qui cultive la parcelle voisine, partage la même inquiétude car la nourriture n'aura pas repoussé d'ici là. "Si nous avons de la pluie, il faudra attendre sept, huit mois", prévoit l'habitant de 54 ans.

Le modèle agricole dominant est le "jardin mahorais", une forme de polyculture qui assure une certaine autonomie alimentaire à cet archipel de l'océan Indien. Essentiellement vivrière, cette agriculture disséminée sur des milliers de petites parcelles familiales a été dévastée par le cyclone, qui a aussi ravagé de nombreuses habitations.

Sur une pente au bord d'un bidonville, Issouf Combo, 72 ans, porte des coups de chombo (machette) au sol. "Je replante du maïs", indique-t-il tout en mettant deux graines dans un trou.

Là où il y avait auparavant du manioc et des bananes, il n'y a plus que de la terre rouge semée de débris. Cette parcelle était la principale source de fruits et légumes de cet habitant de Mangajou.

Depuis Chido, Issouf Combo et sa famille font leurs courses au marché "mais ça coûte cher", précise son petit-fils de 17 ans, Nassem Madi.

- Prix en hausse -

Car sur les étals des marchés, les prix ont augmenté. Celui de Nini Irene, à Chirongui (sud), affiche le kilo d'oignons ou de clémentines à cinq euros, le kilo de pommes ou de poires à quatre: c'est un euro de plus qu'avant le cyclone.

La vendeuse de 27 ans, qui achète ses fruits et légumes à "des Africains" les faisant venir de l'extérieur de l'archipel, explique la hausse par la rareté nouvelle des cultures.

"On nous a donné des sacs de 20 kilos d'oignons. Avant Chido, c'était à 35 euros, et maintenant à 70 euros", explique-t-elle. Dans ses bacs, plus rien ne vient de Mayotte. Elle voit seulement de temps en temps des brèdes mafanes et des concombres locaux sur les stands de ses voisins.

Venu acheter des oignons, Archidine Velou arrive encore à trouver ce qu'il lui faut, sauf les bananes. "Nos aliments de base, c'est le manioc et les bananes, ça va être compliqué", dit l'homme de 32 ans en évoquant l'approche du ramadan, qui revient sur toutes les lèvres.

Un peu plus loin, Rouchoudata Boina s'inquiète surtout de ne plus trouver de brèdes mafanes, une plante très populaire dans la région.

Celles qui avaient survécu à Chido ont été éprouvées par la tempête tropicale Dikeledi, la semaine dernière, dit-elle. "Comment je vais faire avec mes enfants ?", questionne cette mère d'une fratrie de cinq dont l'alimentation, faute d'argent, se base désormais sur les féculents: pâtes le matin, pain l'après-midi, riz le soir.

Prévoyant la pénurie, la préfecture de Mayotte a pris le 23 décembre un arrêté assouplissant les règles d'importation de végétaux.

"Il y a un besoin important d'approvisionner Mayotte en produits frais", justifie auprès de l'AFP Patrick Garcia, chef du service alimentation à la Direction de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt (DAAF). L'arrêté a engendré le renouvellement automatique pour six mois des permis d'importation de fruits et légumes.


Après la non-censure du PS, le gouvernement confiant pour le budget

Le Premier ministre français François Bayrou prononce un discours lors du débat précédant le vote de défiance à l'égard de son gouvernement à l'Assemblée nationale à Paris, le 16 janvier 2025. (AFP)
Le Premier ministre français François Bayrou prononce un discours lors du débat précédant le vote de défiance à l'égard de son gouvernement à l'Assemblée nationale à Paris, le 16 janvier 2025. (AFP)
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  • Grâce aux concessions accordées aux socialistes sur des points-clés des textes financiers, le gouvernement estime désormais qu'il survivra à l'épreuve du budget
  • "Grâce à la décision d'hier, nous aurons un budget", a estimé jeudi le ministre de l'Economie et des Finances Éric Lombard

PARIS: Trêve hivernale pour François Bayrou ? Grâce aux concessions accordées aux socialistes sur des points-clés des textes financiers, le gouvernement estime désormais qu'il survivra à l'épreuve du budget. Mais le PS réfute tout accord et martèle que la censure reste sur la table.

"Grâce à la décision d'hier, nous aurons un budget", a estimé jeudi le ministre de l'Economie et des Finances Éric Lombard sur BFMTV-RMC, au lendemain du vote contre la censure du gouvernement d'une grande majorité du groupe socialiste à l'Assemblée nationale.

Cette décision longuement mûrie par le PS "est basée sur des engagements que le Premier ministre a pris, qui calent les éléments les plus importants du budget", a analysé le ministre. "Donc sur le budget, je pense, mais c'est au Parti socialiste d'exprimer son point de vue, que nous avons un accord", a détaillé Éric Lombard.

Bercy trop confiant ? La réponse n'a pas tardé: "Non, il n'y a évidemment aucun accord avec les socialistes sur le budget", a martelé sur X le chef des députés PS Boris Vallaud.

"Notre décision d'hier est une mise à l'épreuve de la négociation et consolide nos premières avancées. Le chemin est encore long jusqu'au budget, la censure est toujours sur la table", a-t-il ajouté.

La veille, dans l'hémicycle, le patron du PS Olivier Faure, qui a pris un risque en assumant la mue réformiste d'un parti allié avec La France insoumise depuis 2022, avait déjà prévenu que son parti restait "dans l'opposition", prêt à dégainer une motion de censure si les engagements n'étaient pas tenus.

Dans une interview à Libération, le secrétaire général du PS Pierre Jouvet a précisé la ligne: "Le chemin est encore long jusqu’au budget" et le gouvernement sera "à chaque instant sous surveillance".

- "Relancer l'économie" -

En plus de la non-suppression de 4.000 postes dans l'Éducation, et de l'abandon du passage à trois jours de carence pour les fonctionnaires, les socialistes ont obtenu une négociation des partenaires sociaux sur la très controversée réforme des retraites de 2023.

Dans un cadre financier restreint, ils ont même arraché à la dernière minute l'engagement que le Parlement ait le dernier mot, même si l'accord trouvé entre les partenaires sociaux n'était que "partiel".

"Le fait qu'il y ait un budget qui soit en plus un budget où il n'y a pas de nouveaux impôts, va rassurer les entrepreneurs, va rassurer les chefs d'entreprise, va rassurer les artisans", d'autant plus que la BCE prévoit de poursuivre la baisse des taux, a souligné Eric Lombard.

Issu des rangs de la gauche, ce haut fonctionnaire est un ami personnel d'Olivier Faure. Et s'il a rencontré l'ensemble des groupes de gauche, sauf les Insoumis qui ont refusé, c'est bien avec les socialistes qu'il a été en contact permanent depuis dix jours.

Mais "si la copie finale n’est pas à la hauteur de nos attentes, qu’elle ne consacre pas plus de justice sociale, fiscale et écologique, affaiblit nos services publics (...) alors nous voterons contre ce budget sans état d’âme", a prévenu Pierre Jouvet.

- Examen au Sénat -

Dans le camp du Premier ministre, on se frotte tout de même les mains.

"Ça va apporter énormément aux socialistes dans leurs circonscriptions parce qu'ils ont quand même obtenu des trucs pour la gauche", veut croire un proche de François Bayrou.

Ne pas voter la censure donne "un signal très clair", assure un ministre et évite de laisser le gouvernement "de facto en tête à tête avec le RN".

Reste à savoir si l'examen du budget au Parlement ne fera pas hésiter un peu plus le PS.

En effet, la reprise du projet de loi de finances au Sénat depuis mercredi a fait grincer plus d'une voix à gauche. Le gouvernement, en quête d'économies, multiplie les coupes budgétaires de dernière minute, comme sur le budget des Sports, de la Culture ou sur l'aide publique au développement. Autant de coups de rabot rejetés par les sénateurs socialistes...

Sans compter que le gouvernement envisage, après l'examen au Sénat, de convoquer une commission mixte paritaire réunissant des élus des deux chambres pour forger un texte de compromis. Donc, en omettant la case Assemblée.


Faux Brad Pitt: une enquête pour escroquerie ouverte en France

Une enquête a été ouverte sur l'île de La Réunion pour tenter d'identifier les auteurs d'une escroquerie qui a permis de soutirer 830.000 euros à une Française convaincue d'aider financièrement l'acteur américain Brad Pitt, a-t-on appris vendredi de source policière. (AFP)
Une enquête a été ouverte sur l'île de La Réunion pour tenter d'identifier les auteurs d'une escroquerie qui a permis de soutirer 830.000 euros à une Française convaincue d'aider financièrement l'acteur américain Brad Pitt, a-t-on appris vendredi de source policière. (AFP)
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  • A ce stade, aucun suspect n'est identifié et les policiers de la brigade financière, chargée de l'enquête, cherchent à localiser les comptes ayant reçu les virements de cette femme qui a porté plainte à La Réunion, département français de l'océan Indien
  • Dans l'émission Sept à huit diffusée dimanche sur la chaîne privée TF1, une femme, prénommée Anne et âgée d'une cinquantaine d'années, a raconté avoir versé 830.000 euros à des escrocs se faisant passer pour la star américaine

SAINT-DENIS-DE-LA-REUNION: Une enquête a été ouverte sur l'île de La Réunion pour tenter d'identifier les auteurs d'une escroquerie qui a permis de soutirer 830.000 euros à une Française convaincue d'aider financièrement l'acteur américain Brad Pitt, a-t-on appris vendredi de source policière.

A ce stade, aucun suspect n'est identifié et les policiers de la brigade financière, chargée de l'enquête, cherchent à localiser les comptes ayant reçu les virements de cette femme qui a porté plainte à La Réunion, département français de l'océan Indien.

Dans l'émission Sept à huit diffusée dimanche sur la chaîne privée TF1, une femme, prénommée Anne et âgée d'une cinquantaine d'années, a raconté avoir versé 830.000 euros à des escrocs se faisant passer pour la star américaine en lui envoyant de faux selfies, des documents d'identité falsifiés et en recourant à l'intelligence artificielle pour dissiper ses doutes.

Prétextant avoir besoin d'argent pour payer une opération pour un cancer du rein, le faux Brad Pitt a réussi à soutirer cette somme importante à cette femme, qui est aujourd'hui ruinée et a fait trois tentatives de suicide.

Depuis la diffusion de l'émission, elle fait l'objet de railleries de la part d'internautes moquant sa supposée crédulité. Le reportage a depuis été retiré de toutes les plateformes par TF1, après une "vague de harcèlement à l'encontre d'un témoin".

L'affaire est parvenue jusqu'à l'entourage de l'acteur, qui a mis en garde ses fans contre les escrocs utilisant son image.

"C'est terrible que des escrocs profitent de la forte connexion des fans avec des célébrités", a déclaré mardi un porte-parole de l'acteur au média Entertainment Weekly.

De escroqueries jouant sur les sentiments existent depuis le début des courriers électroniques, mais l'arrivée de l'intelligence artificielle a augmenté le risque de vol d'identité, canulars et fraude en ligne, selon les experts.